Nachdem Österreich, das Sudetenland, die Tschechoslowakei und das Memelland bis zum März 1939 besetzt waren, schloss Hitler mit Stalin den Deutsch-Sowjetischen Nichtangriffspakt ab, um sich für die Eroberung Polens freie Hand zu verschaffen. Da die sowjetische Armee seit den dreißiger Jahren aufgrund von "Säuberungen" im Offizierskorps an Stärke verloren hatte, erhoffte Stalin sich durch diesen Vertrag eine Sicherheit vor dem militärisch überlegenen Deutschland. Eine Woche später, am 1. September 1939, begann mit Hitlers Angriff auf Polen der II. Weltkrieg.
Am 9. April 1940 begannen deutsche Truppen, Norwegen und Dänemark militärisch zu besetzen. Am 10. Mai überfiel Hitler Holland, Belgien, Luxemburg und Frankreich. Nachdem am 6. April 1941 der Angriff auf Jugoslawien und Griechenland erfolgt war, befand sich fast ganz Europa unter faschistischer Herrschaft. Hitler hatte mit Italien und Japan einen Pakt geschlossen, und seine bisherige Blitzkrieg-Taktik hatte sich bestens bewährt, so dass am 22. Juni 1941 unter dem Tarnnamen 'Unternehmen Barbarossa' der Angriff auf die Sowjetunion erfolgte.
Als am 7. Dezember 1941 Hitlers Verbündeter Japan die amerikanische Flotte in Pearl Habour angriff, verhielten sich die USA nicht länger neutral und erklärten einen Tag später Japan den Krieg. Deutschland und Italien reagierten darauf am 11. Dezember.
In Nordafrika landeten am 7. November 1942 englische und amerikanische Truppen, was schließlich zur Kapitulation der deutschen Armee in Nordafrika am 12. Mai 1943 führte.
Die enorme Größe Russlands und der strenge russische Winter ließen den Blitzkrieg im zweiten Winter am 2. Februar 1943 vor Stalingrad enden. Nachdem am 3. September 1943 die Alliierten in Sizilien gelandet waren und Mussolinis faschistische Herrschaft beendet hatten, erklärte der ehemalige Bündnispartner Italien am 13. Oktober Deutschland den Krieg. Die alliierten Bomber flogen nun Tag und Nacht Angriffe gegen deutsche Städte.
Am 12. Mai 1944 schickte die USA 935 Bomber gegen die synthetische Ölproduktion Deutschlands. Allein 200 Flugzeuge konzentrierten sich auf die Leuna-Werke. Hitler und Göring beriefen daraufhin eine Besichtigung und Konferenz ein, an der vier der führenden Treibstoffexperten der I.G. teilnahmen. Diese Gruppe, zu der auch Krauch und Bütefisch gehörten, sollte die Folgen der Luftangriffe vom 12. Mai erörtern.
Da aufgrund der Monopolstellung der I.G. nur eine sehr geringe Anzahl von Treibstoff-, Buna- und Stickstofffabriken existierten, waren diese besonders empfindliche strategische Angriffspunkte, da dort die für die Rüstung unentbehrlichen Materialien hergestellt wurden. Göring versprach Krauch, dass ein Teil der Flugzeuge dem Schutz der Ölfabriken zugeteilt und nicht an die Front beordert würde. Die Invasion der Alliierten am 6. Juni 1944 in der Normandie zwang Göring zur Rücknahme seines Versprechens.
Bis zum Herbst 1944 hatte sich die militärische Lage Deutschlands stark verschlechtert. Martin Bormann und Josef Goebbels bestürmten Hitler, er solle einen Angriff mit dem Nervengas 'Tabun' gegen feindliche Truppenkonzentrationen und Städte durchführen. Tabun ist ein Nervengas von extrem starker Wirkung, das das Opfer bei Berührung mit der Haut innerhalb weniger Minuten zu töten vermag. Tabun und das andere Nervengas 'Sarin' wurden bei der Erforschung von Schädlingsbekämpfungsmitteln entdeckt und gehörten zu den bestgehüteten militärischen Geheimnissen Deutschlands. Sie wurden stets nur mit dem Tarnnamen 'N-Stoff' erwähnt und nach anfänglichen Versuchen mit Meerschweinchen und Ratten zuletzt an jüdischen Häftlingen ausprobiert.[281] Hitler ließ Otto Ambros befragen, inwieweit die Alliierten ebenfalls über Nervengase verfügten und, wenn ja, ob man ein wirksames Gegenmittel dafür hätte. Ambros teilte Hitler mit, dass der Feind vermutlich eine ähnliche Waffe besäße und man noch kein Gegenmittel gefunden habe. So untersagte Hitler den Einsatz von 'N-Stoff'.
Ambros' Einschätzung der chemischen Rüstung der Alliierten war falsch. Die Alliierten besaßen keine chemischen Waffen, die mit dem Nervengas der I.G. vergleichbar waren und die sie zur Vergeltung hätten benutzen können. Hitler hätte also aufgrund der Forschungs- und Entwicklungstätigkeit der I.G. eine wirkungsvolle Möglichkeit gehabt, den Krieg anders enden zu lassen.
Am 30. April 1945 beging Adolf Hitler Selbstmord, Berlin wurde am 2. Mai von der Roten Armee erobert, und Deutschland erklärte seine bedingungslose Kapitulation am 8. Mai 1945. Im Herbst sollten die Vorbereitungen für die Kriegsverbrecherprozesse beginnen. Der Krieg in Fernost war aber noch nicht beendet. Am 6. und 9. August fielen die Atombomben auf Hiroshima und Nagasaki. Japan kapitulierte schließlich am 2. September 1945.
Die I.G.-Direktoren handelten, als ob sie wüssten, was die Zukunft bringen sollte. Der Großteil des Vermögens der I.G. wurde ins Ausland geschafft und bereits im September 1944 planten ter Meer und der Sekretär des Verwaltungsrates, Ernst Struss, die Vernichtung der I.G.-Akten für den Fall, dass die Amerikaner die Frankfurter Zentrale besetzten. Im Frühjahr 1945, als es offensichtlich war, dass die Amerikaner bald Frankfurt in ihrer Hand hätten, begann die groß durchgeplante Verbrennung und Zerstörung des Aktenmaterials. Man vernichtete etwa fünfzehn Tonnen Papier. Auch in Auschwitz wurden die meisten der Akten zerstört, bevor die Rote Armee das Lager befreite. Als die Alliierten versuchten, die I.G.-Akten der Nazizeit zusammenzusetzen, trafen sie auf riesige Lücken. Es wäre wohl noch viel mehr belastendes Material zusammengekommen, wenn die Akten vollständig gewesen wären. Was den Alliierten schließlich übrig blieb, war dennoch schrecklich genug.