Die Positionen dieser beiden Gruppen in der US-Regierung waren unvereinbar. Die Auseinandersetzungen über die amerikanische Nachkriegspolitik hatten schon 1942 begonnen, als die Alliierten anfingen, über die Zukunft Deutschlands nachzudenken. Im Jahre 1944 zog Präsident Roosevelt seine schon erteilte Unterschrift unter den 'Morgenthau-Plan' zurück. Roosevelt verstarb am 12.4.1945, sein Finanzminister Morgenthau trat noch vor der Potsdam-Konferenz zurück; ein genaueres Datum sowie eine Angabe von Gründen waren (bezeichnenderweise?) in keiner Literaturstelle zu finden.

Beide Gruppen verfolgten zunächst nebeneinander ihre eigenen Ziele, wenngleich auch die Arbeit der 'Finance Task Force' durch die 'Industry Branch' behindert wurde.
In den ersten Nachkriegsmonaten entbrannte schließlich ein offener Machtkampf, in dessen Verlauf sich eine der beiden Gruppen durchsetzen musste; diese Auseinandersetzungen können hier nur kurz skizziert werden:
Am 29.3.1945 drangen die ersten Soldaten in das I.G.-Hochhaus in Frankfurt ein. Zunächst galt es, die weitere Verschleppung und Vernichtung von belastenden Akten durch I.G.-MitarbeiterInnen zu verhindern. Danach musste das aus allen Teilen des besetzten deutschen Reiches zusammengetragene Material übersetzt, gesichtet und sortiert werden.
Die I.G.-Ermittlungsgruppe des Oberst Bernstein der 'Finance Division' begann im Frühjahr 1945 mit ihrer Arbeit. "Sie hatte klare politische Vorstellungen: Sie wollte alle bisherigen Argumente für die Zerschlagung der I.G. Farbenindustrie AG dokumentarisch belegen und zugleich analytisch vertiefen. Zuerst galt es, die internationalen Beziehungen des Konzerns aufzudecken, in einem zweiten Schritt seine Mitbeteiligung am nazistischen Eroberungskrieg zu enthüllen, und drittens seine internen Verbindungen zur NSDAP und zum Aufrüstungsprogramm der Wehrmacht aufzuarbeiten. Von dieser Arbeit versprachen sich die Untersuchungsbeamten Bernsteins eine Signalwirkung."[308] Bis zum Juli 1945 konnte die I.G.-Untersuchungsgruppe ihre Arbeit relativ unbehelligt durchführen.
Im Gegensatz dazu bemühte sich die 'Industry Branch' um eine Zusammenarbeit mit der Bürokratie des Nazi-Staates. Schon Anfang Mai - also Monate vor der Potsdam-Konferenz - knüpfte diese Kontakte zur 'Außenwirtschaftsabteilung der Reichsgruppe Industrie', die sich von Berlin nach Bayreuth abgesetzt hatte. Kurze Zeit später wechselte die 'Abteilung für maschinelles Berichtswesen der Reichsgruppe Industrie' auf Rat von Offizieren der Wirtschaftsabteilung von Gera (in der SBZ gelegen) nach Bad Nauheim, in die Nähe des amerikanischen Hauptquartiers. Umbenannt in 'Statistical Office' wurde diese Abteilung in die 'Industry Branch' eingegliedert. Im Sommer 1945 wurde, gegen den Protest der Sowjetunion, das 'Ministerial Collecting Center' eingerichtet, in dem die Ministerialbürokratie des Reichswirtschafts- und -finanzministeriums und der Reichswirtschaftskammer an der Kontinuität deutscher Wirtschaftspolitik arbeitete. Damit hatte die 'Economic Division' praktisch den gesamten Verwaltungsapparat der Nazi-Volkswirtschaft unverändert übernommen und der Einfluss des Nationalsozialismus war über die Kapitulation hinweg im sich formenden Nachkriegsdeutschland gesichert.
Spätestens nachdem am 10.9.1945 die 'Industry Branch' der 'Economic Division' den CALVIN-HOOVER-Report[309] vorgelegt hatte, der zum ersten Mal ein einseitiges westzonales Exportprogramm propagierte, und nachdem zwei Tage später, am 12.9.1945, Bernstein seinen I.G.-Untersuchungsbericht abgegeben hatte, war klar, dass der status quo der beiden rivalisierenden Parteien nicht mehr aufrechtzuhalten war.
Und Militärgouverneur Clay handelte denn auch eindeutig: An jenem 12.9.1945 wurde die 'Finance Division' in ihrer bisherigen Struktur aufgelöst, ihr neuer Leiter wurde der Zivilist J. M. Dodge. Bernstein selbst wurde zum Leiter einer neuen Abteilung für Kartelluntersuchungen degradiert und zwei Tage später auch noch aus der I.G.-Beratungskommission entlassen. Zwei Wochen später flog Bernstein nach Washington, wo es zu einer neuerlichen Auseinandersetzung zwischen Kriegs-, Außen- und Wirtschaftsministerium kam, die aber eine Niederlage für Bernstein bedeutete. Er trat zwar noch am 11. und 12. Dezember im Kilgore-Unterausschuss an die Öffentlichkeit, in dem er auch schilderte, wie inhaftierte I.G.-Direktoren vom I.G. Farben-Kontrolloffizier Pillsbury aus den Gefängnissen geholt wurden, hatte aber für sich selbst resigniert.
Der Entscheidungskampf um die Zukunft der I.G. Farben musste schließlich gegen Ende des Jahres 1945 von den Männern und Frauen in den Abteilungen Morgenthaus und Bernsteins endgültig als verloren betrachtet werden.
In den ersten Nachkriegsmonaten wurden eine ganze Reihe von Gesetzen und Verordnungen erlassen, die eine wirksame Kontrolle der Chemiebetriebe gewährleisten sollten. Mit der im Kontrollratsgesetz Nr. 5 angeordneten Beschlagnahme des I.G.-Vermögens ging dieses formal in den Besitz des Kontrollrates über. Mit dem Kontrollratsgesetz Nr. 9 wurde vereinbart, den I.G. Farben-Konzern zu zerschlagen, um eine Einflussnahme der deutschen Chemiewirtschaft auf das politische Leben in Zukunft zu unterbinden. Zu diesem Zweck sollte er in eine ganze Reihe kleiner Einheiten aufgeteilt werden.
Konkret wurde die Behandlung der I.G.-Betriebe in jeder Zone unterschiedlich gehandhabt. Die in der sowjetischen Zone liegenden I.G.-Werke wurden entweder demontiert oder durch Sozialisierung in sog. 'Sowjetaktiengesellschaften' eingebracht. In der französischen Zone erfolgte die Verwaltung durch die Militärregierung. Die US-Militärregierung setzte in ihrer Zone für jedes Werk einen deutschen Treuhänder ('Trustee') ein, der ohne große Einschränkungen selbständig arbeiten konnte. Die in der britischen Zone liegenden Werke wurden, mit Ausnahme der Werke Leverkusen, Uerdingen, Elberfeld und Dormagen, als Einheit betrachtet und von einem Kontrolloffizier geleitet. Die genannten Werke besaßen einen besonderen Status, da sie von deutschen Treuhändern verwaltet wurden. Die praktische Unternehmensführung der Werke in der britischen Zone lag in den Händen der deutschen Werksleitungen.[310]
Die Offiziere der 'Industry Branch' waren entgegen den aus dem Potsdamer Abkommen entstandenen Gesetzen und Verordnungen jedoch nicht gewillt, die I.G. Farben zu zerschlagen. Nachdem sie sich die Mitarbeit der Funktionseliten der Nazibürokratie gesichert hatten, machten sich die Offiziere der 'Industry Branch' daran, die Chemiebetriebe wieder in Gang zu setzen. Das geschah meist nach einem einfachen Schema: Zuerst wurden die Arbeiter ausgesperrt und Gewerkschaftsgründungen untersagt. Dann setzten sie sich mit den Betriebsleitungen zusammen und berieten das weitere Vorgehen. Für Betriebe, die auf dem Gebiet der SBZ lagen (z.B. in den Leunawerken), wurde Betriebssabotage vereinbart[311], während in den Betrieben, die in den Westzonen lagen, möglichst schnelle Wiederaufnahme der Produktion angestrebt wurde, soweit dies im Rahmen der limitierten Energieversorgung und Transportkapazitäten möglich war. Parallel dazu nahm die Zahl der Haftentlassungen 'unpolitischer' Betriebsleiter, Ingenieure und Chemiker zu.
Vor der Öffentlichkeit wurde diese Restaurationspolitik dadurch gerechtfertigt, dass nur so ausreichend Devisen für Lebensmittelimporte beschafft werden könnten. Man kann sich jedoch leicht vorstellen, dass die Versorgung der Bevölkerung mit Lebensmitteln durch mehr Chemikalien, mehr Stahlerzeugnisse und mehr Produkte der Elektroindustrie nicht gesichert werden konnte, sondern eher durch Finanzhilfen für die unterkapitalisierte Nahrungsmittelindustrie.
Angesichts der Tatsache, dass 87% des Produktionskapitals der I.G. intakt geblieben war[312], verwundert es nicht, dass die Inbetriebnahme der I.G.-Fabriken Ende 1945 nahezu abgeschlossen war. Nach einer Bestandsaufnahme der Untersuchungsabteilung für Kartelle und Auslandsvermögen vom Dezember 1945 wurde die Produktion in fast allen der 55 I.G.-Werke wieder aufgenommen, mit Ausnahme von zwei Werken, die zerstört waren und drei Werken, die zur Reparation freigegeben waren.[313]
Im Frühjahr 1946 war die Entwicklung bereits soweit fortgeschritten, dass schon erste Erweiterungsinvestitionen in Angriff genommen wurden, sogar für Werke, die selbst bei großzügigster Auslegung der Vorschriften hätten demontiert werden müssen. Der Tatsache, dass das Vorgehen der 'Industry Branch' dem Potsdamer Abkommen dramatisch entgegengerichtet war, störte nicht im geringsten.